Awalnya, fenomena tersebut diduga disebabkan ada banyak hewan ternak yang terbunuh dan darahnya bercampur dengan air hujan di daerah tersebut. Sebab, hujan berwarna merah gelap dan berbau busuk. Namun, ternyata hujan darah itu bukan kali pertama terjadi di Kerala. Bahkan, fenomena hujan darah sudah sering terjadi sejak satu dekade lalu.
Beberapa ilmuwah mengira hujan misterius itu berwarna merah disebabkan debu meteor yang tercampur awan, sedangkan analisis dari pemerintah India menyatakan bahwa warna itu disebabkan spora yang tersapu angin
Dua ilmuwan, Godfrey Louis, Ph.D. and Santhosh Kumar dari Mahatma Gandhi University di Kottayam, malah sempat mengajukan hipotesis kontroversial: “Hujan misterius warna merah itu disebabkan oleh makhluk yang belum terindentifikasi dan tak punya DNA.” Hipotesis tersebut sampai-sampai didokumentasikan di Wikipedia.